Özel Bahçeşehir Koleji Beylikdüzü Ortaokulu eğitim modeli öğrencilerin yetenekleri temelinde, becerilerinin geliştirilmesi üzerine kurgulanmıştır. Ortaokul döneminde öğrencilerin yetenekleri ve becerilerini geliştirmeye yönelik çalışmalar yapılmaktadır. Okulda çocukların sosyal ve duygusal gelişimleri kadar bilişsel ve dil gelişimleri açısından gelecekteki öğrenimlerinin ve başarılarının temelini teşkil eden bir süreçtir. Bu amaçla Özel Bahçeşehir Koleji Beylikdüzü Ortaokulu bu dönemde bilimsel çalışmalara ve sanat çalışmalarına ağırlık vermektedir. Okulda çocukların erken yaşta bilimsel olaylara merak duyması, araştırması, deney yapması ve sorgulaması amaçlanmaktadır. Çocukların bireysel farklılıkları Özel Bahçeşehir Koleji Beylikdüzü Ortaokulunun eğitim modelini oluşturmaktadır. Çocukların okulda eğlenerek öğrenmelerine ortam sağlanmaktadır. Uygulanmakta olan eğitim programlarında çocukların ezber yaparak öğrenmelerinin yerine yaşayarak, tecrübe ederek ve deneyerek öğrenmeleri sağlanmaktadır. Okulda STEM (Bilim, Teknoloji, Mühendislik, Sanat ve Matematik) eğitim programı uygulanmaktadır. Bu eğitim modeliyle kendini ve doğayı iyi bir şekilde tanıyan, disiplinler arası bütünlükle özerk öğrenme yeteneğine sahip, üst düzey düşünme ve problem çözme becerilerine sahip bireyler yetiştirmek amaçlanmaktadır. Okulda eğitime verilen değer kadar beslenmeye de çok önem verilmektedir. Okul içerisinde bulunan yemekhanede hazırlanan yemekler çocukların beslenme alışkanlıklarındaki hataları düzeltmeye ve dengeli beslenmelerini sağlamaya yönelik hazırlanmaktadır. Çocuklara sabah, öğle ve ikindi kahvaltısı olmak üzere 3 öğün yemek verilmektedir. Özel Bahçeşehir Koleji Beylikdüzü Ortaokulu çocukların kişisel, sosyal ve fiziksel gelişimlerini sağlamak amacıyla laboratuvar, kütüphane, müzik odası, spor alanları, havuz ve birçok oyun alanı bulunmaktadır. Ayrıca okulda yüzme, bale, müzik, dans, drama, sanat, tiyatro, spor, robotik kodlama, bilişim, atletizm, halk oyunları ve akıl zeka oyunları gibi birçok etkinlik yapılmaktadır.