Özel Topkapı Doğa Koleji Ortaokulu, Fatih Topkapı bölgesinde Doğa Koleji bünyesinde eğitim vermekte olan özel lise öncesi eğitim kurumudur. Bünyesinde bulundurduğu öğrencilerine kolej ayrıcalıklarını sunmaktadır. Bu ayrıcalıklar içerisinde öğrencilere gerek boş zamanlarını aktif olarak geçirebilmeleri için gerekse de dersleri uygulamalı olarak alabilmeleri için birçok alan sunulmaktadır. Bu alanlarda çeşitli kulüp etkinlikleriyle öğrenciler farklı etkinliklere dahil olarak sosyal ve fiziksel açıdan gelişim gösterebilmektedir. Oyun ve spor alanlarıyla öğrencilere çeşitli spor branşlarında gelişim imkanı sağlanırken yeteneği olan öğrenciler bu konuda gelişmesi üzerine de ekstra eğitimler alabilmektedir.
Özel Topkapı Doğa Koleji Ortaokulu bünyesinde bulundurduğu öğrencilerine verdiği eğitimlerde yabancı dile büyük önem vermektedir. Çift dilli bir eğitim yürüten okulda İngilizce dersleri ezberden uzak verilirken, öğrencilere ikinci dil imkanı olarak Almanca dil eğitimleri sunulmaktadır.